Mustafa Güden wurde 1965 in Kayseri, Türkei, geboren. Nach seinem Abschluss am Kadıköy Anadolu Gymnasium schloss er 1989 sein Medizinstudium an der Medizinischen Fakultät Çapa der Universität Istanbul ab. Er erwarb seine Spezialisierung in Herz-Kreislauf-Chirurgie am Institut für Kardiologie der Universität Istanbul und arbeitete anschließend 10 Jahre lang am Şişli Florence Nightingale Hospital. Während dieser Zeit absolvierte er auch eine Kurzzeitausbildung an der OLV-Klinik in Belgien.
Im Jahr 2004 wurde Dr. Güden außerordentlicher Professor und 2013 zum ordentlichen Professor befördert. Von 2016 bis 2022 war er als Herz-Kreislauf-Chirurg am Medipol Mega University Hospital tätig. Im Jahr 2023 eröffnete er seine Privatpraxis in Kadıköy, Istanbul.
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