Prof. Erkan Kaptanoğlu, MD, wurde 1966 in Balikesir, Türkei, geboren. Nach der Grundschule, der weiterführenden Schule und dem Gymnasium in Balikesir schloss er 1990 sein Studium an der medizinischen Fakultät Cerrahpasa der Universität Istanbul ab. Er absolvierte sein Praktikum am Peterborough District Hospital und am Lincoln County Hospital in Großbritannien. Nach einem Jahr obligatorischen medizinischen Dienstes schloss er 1997 seine Facharztausbildung, die er 1992 begonnen hatte, am Ankara Numune Training and Research Hospital ab und wurde Facharzt für Neurochirurgie. Nachdem er im selben Jahr als Oberarzt in dasselbe Krankenhaus versetzt worden war, studierte er von 1998 bis 1999 als „Forschungsstipendiat“ an der medizinischen Fakultät der Universität Toronto neben Prof. Charles Tator, MD, „Rückenmarksverletzungen und Rückenmarksregeneration“. Nach seiner Rückkehr aus Kanada im Jahr 1999 wurde er vom Gesundheitsministerium beauftragt, ein Feldlazarett einzurichten und zwei Monate lang mit dem türkischen Roten Halbmond in Hakkari, Şemdinli, zusammenzuarbeiten. Im Anschluss an diesen Auftrag meldete er sich freiwillig für die Hilfsmaßnahmen nach dem Marmara-Erdbeben 1999.
2004 wurde er außerordentlicher Professor für Neurochirurgie. Den Titel Doktor der Wissenschaften (Ph.D.) erlangte er, indem er zwischen 2000 und 2005 am Institut für Medizinische Wissenschaften der Hacettepe-Universität ein Doktorandenprogramm in fortgeschrittener Neurowissenschaft absolvierte. Er beteiligte sich an dem Projekt für autologe Stammzellentherapie bei Rückenmarksverletzungen beim Menschen in den Abteilungen für Neurochirurgie und Hämatologie der Medizinischen Fakultät der Universität Ankara. 2009 wurde er zum stellvertretenden Leiter der 1. Klinik für Neurochirurgie am Numune-Krankenhaus Ankara ernannt, wo er zuvor gearbeitet hatte.
In diesem Krankenhaus, in dem er bis 2010 arbeitete, beaufsichtigte und begleitete er komplexe kraniale, pädiatrische, spinale, traumatische und vaskuläre neurochirurgische Operationen. Er setzte seine akademische Forschung an der Universität Ankara, Fakultät für Anatomie und in den Forschungslabors der Universität Ankara und der Hacettepe-Universität fort, um Strategien für komplexe Wirbelsäulenoperationen zu entwickeln.
Mit seiner Forschung zu Rückenmarksverletzungen und zur Anatomie der Wirbelsäule hat er viele Preise gewonnen, wie beispielsweise den 1. Platz des Acibadem Hospital Medical Research Award im Jahr 2000, den Dr. Mahir Tevruz Scientific Research Award der Turkish Neurosurgical Society, den Tübitak and Brain Research Society Wheyt Award im Jahr 2001, den Hamit Ziya Gokalp Young Neurosurgeons Research Award der Turkish Neurosurgical Society im Jahr 2002 und den Yildiz Yalcinlar Scientific Research Award der Turkish Neurosurgical Society im Jahr 2004.
2010 ging er nach Zypern, um unter der Leitung der Hacettepe-Universität das Krankenhaus der Medizinischen Fakultät der Near East University zu gründen, und wurde zum ordentlichen Professor ernannt. Zwischen 2010 und 2015 war er Gründer und Abteilungsleiter der Near East University sowie Gründer und stellvertretender Chefarzt des Universitätskrankenhauses für Ausbildung und Forschung in der TRNZ.
In den Jahren 2000–2001 war er Mitglied des Redaktionsausschusses von Türk Nöroşirurji Dergisi und der Zeitschrift Turkish Neurosurgery. Zwischen 2001 und 2006 war er stellvertretender Herausgeber der Zeitschriften Türk Nöroşirurji Dergisi und Turkish Neurosurgery. In den Jahren 2002–2003 war er Vorsitzender des Komitees junger Neurochirurgen der Türkischen Gesellschaft für Neurochirurgie. Er wurde in den Vorstand der Gruppe für Spinal- und periphere Nervenchirurgie der Türkischen Gesellschaft für Neurochirurgie gewählt und hatte dieses Amt von 2003 bis 2009 inne. 2013 wurde er erneut in den Vorstand der Gruppe für Spinal- und periphere Nervenchirurgie der Türkischen Gesellschaft für Neurochirurgie gewählt. 2015 wurde er Vorsitzender des Vorstands der Gruppe für Spinal- und periphere Nervenchirurgie der Türkischen Gesellschaft für Neurochirurgie. Im Jahr 2018 wurde er zum Vorstandsmitglied der Türkischen Akademie für Neurochirurgie gewählt.
2015 wurde er an die Medizinische Fakultät der Marmara-Universität, Abteilung für Neurochirurgie, berufen und zum Abteilungsleiter gewählt. Im selben Zeitraum war er auch Direktor des Instituts für Neurowissenschaften. 2018 schloss er seine Amtszeit als Abteilungsleiter ab. Am Ende dieser Amtszeit im Jahr 2019 zog er sich von seinen Aufgaben als Direktor des Instituts für Neurowissenschaften und als Mitglied der Medizinischen Fakultät zurück. Während seiner Amtszeit an der Marmara-Universität überwachte und begleitete er chirurgische Eingriffe bei komplexen Fällen von Schädelpatienten bis hin zu Hirntumoren (insbesondere Gliome, Meningiome und Hypophysenadenome), Hirnblutungen, Parkinson-Krankheit, Traumata und vaskulärer Neurochirurgie. Er führte komplexe Wirbelsäulenoperationen durch, wie etwa Operationen bei Wirbelsäulendeformitäten (z. B. Skoliose und Kyphose), thorakoskopische Wirbelsäulenoperationen und Operationen bei Sakraltumoren. Er führte Forschungen und experimentelle Studien zur Stammzellentherapie und Regeneration bei Rückenmarksverletzungen durch. Derzeit setzt er zwischen 2019 und 2020 seine klinische Praxis und Operationen neben seinen lokalen und internationalen akademischen Studien von seiner Privatklinik und dem Istanbul Brain and Spine Center aus fort.
Er hat als Dozent und Redner an zahlreichen nationalen und internationalen Kursen und Tagungen teilgenommen und war Gastredner bei über 100 Veranstaltungen und Konferenzen. Er hat 65 internationale und 35 nationale wissenschaftliche Artikel veröffentlicht, 7 Bücher herausgegeben und 52 Buchkapitel geschrieben. Er war 5 Mal im Organisationskomitee internationaler Tagungen und 22 Mal nationaler Tagungen tätig.
Er ist Mitglied der Türkischen Ärztevereinigung, der Türkisch-Zypriotischen Ärztevereinigung, der Türkischen Gesellschaft für Neurochirurgie, der Türkischen Wirbelsäulengesellschaft, von EUROSPINE, AO Spine und der Türkischen Akademie für Neurochirurgie.